#$Author: sinnwell $
#$Date: 2005/08/12 15:27:54 $
#$Header: /people/biostat3/sinnwell/Projects/LDpairs/Make/RCS/ld.pairs.demo.q,v 1.1 2005/08/12 15:27:54 sinnwell Exp $
#$Locker:  $
#$Log: ld.pairs.demo.q,v $
#Revision 1.1  2005/08/12 15:27:54  sinnwell
#Initial revision
#
#Revision 1.2  2004/03/25 22:39:29  sinnwell
#add comments, and it works now
#
#Revision 1.1  2004/03/24 20:37:09  sinnwell
#Initial revision
#

require(ld.pairs)

g.test <- matrix(c(1,1,1,2,
                 2,3,2,2,
                 1,3,1,3,
                 1,3,3,3,
                 1,3,1,2,
                 2,3,2,3),ncol=4,byrow=T)

ld.test <- ld.pairs(g.test,c("A","B"))

print(ld.test)
#not worth plotting, since only one pair of loci.


 "geno.random" <- matrix(c(c(4., 2., 4., 4., 2., 2., 4., 2., 1., 3.)
                , c(4., 3., 4., 1., 2., 4., 3., 4., 2., 4.)
                , c(2., 2., 2., 3., 1., 3., 1., 3., 3., 2.)
                , c(2., 3., 3., 3., 3., 3., 3., 2., 3., 3.)
                , c(4., 3., 3., 1., 4., 4., 2., 2., 4., 3.)
                , c(2., 4., 4., 1., 4., 4., 1., 4., 3., 1.)
                , c(3., 2., 4., 4., 4., 4., 2., 1., 2., 4.)
                , c(3., 2., 4., 3., 4., 3., 3., 4., 3., 4.)
                ), ncol=10, byrow=T)

# this ld.pairs call may actually get a warning for wrong df in qchisq.
# this is a problem with the nature of using lrt in this context, but 
# go ahead and disregard the warning and use the results
ld.obj5 <- ld.pairs(geno.random,c("A","B","C","D", "E"))

print(ld.obj5)
plot(ld.obj5)


